根据民航地区行政机构的主要职能，民航华东地区管理局设置19个职能机构、3个党群工作机构和1个离退休干部工作机构。

　　1、办公室（外事办公室、港澳台事务办公室、应急管理办公室）

　　协助地区管理局领导处理日常行政事务，综合协调、督促检查地区管理局机关政务工作；负责地区管理局机关的文秘、机要、保密、档案、信访、行政管理、政务公开、电子政务等工作；负责地区管理局的外事管理与接待工作；承担辖区内民航应急工作和重大事项的组织协调；按授权，处理辖区内涉港澳台民航事务。

　　2、航空安全办公室

　　综合管理辖区内的民用航空安全；组织调查处理辖区内的一般民用航空飞行事故、地面事故和飞行事故征候及其他不安全事件；参与辖区内重、特大运输飞行事故的调查处理工作；发布安全指令和安全通告；负责辖区内民用航空安全信息的收集、分析和发布；按规定组织辖区内安全评估工作并承办航空安全奖惩工作；组织、指导辖区内的航空安全教育和航空安全管理研究工作；承担地区管理局航空安全委员会的日常工作。

　　3、政策法规处

　　负责地区管理局领导法律顾问和法律事务工作；提出政策建议；负责地区管理局各项政策、规定和合同草案的法律审查；组织并监督辖区内民航行政执法；负责辖区内行政处罚的审查和执行；负责辖区内民航各类行政执法监察员的管理；指导辖区内民航企事业单位法律工作；负责辖区内行业改革的有关工作，审核企业、机场联合兼并和改制上市，受理企业、机场不公平竞争的设诉；负责辖区内以地区管理局为业务主管单位的社会团体的管理。

　　4、计划统计处（节能减排办公室）

　　研究提出所辖区域民用航空发展规划，对民用机场布局和机场、航路建设规划以及航线开辟提出建议；负责辖区内民用机场新建、改扩建、迁建等项目的前期审查；负责辖区内民用机场使用政府性基金补贴项目的审核或审批及其监督工作；承办辖区内购租航空器项目的评估工作；负责辖区内行业信息统计工作；负责地区管理局及其所属单位的固定资产投资及基本建设、技术改造、利用外资等计划项目的管理；负责辖区内民用航空企事业单位收费监督和航油供油保障的有关工作；负责辖区内民用航空机电产品国际招投标的监督管理；承担辖区内民航行业节能减排有关管理工作。

　　5、财务处

　　负责直属单位的资产管理、资金管理和外汇额度使用管理；监督管理辖区内国家财政专项资金使用；负责直属单位的财务预决算管理及辖区内财务信息统计工作；负责直属单位政府采购工作；负责直属单位固定资产投资项目财务与资金管理；监督检查直属单位财务管理情况，负责组织管理局权限内的民航基本建设项目竣工决算审批；负责辖区内行政性收费的监督；协助征收政府性基金；负责地区管理局日常财务管理工作；承担对有关领导干部的经济责任审计和离任审计工作。

　　6、人事科教处

　　管理和指导地区管理局机关及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、社会保险、培训教育、智力引进、科技等工作；按规定权限管理直属单位领导干部；负责地区管理局机关及其派出机构的公务员招录、考核、任用、调配等工作；组织实施辖区内民航科技项目，协调科技成果推广应用工作；负责辖区内民航信息化管理以及网络与信息安全监管工作；承担辖区内民航主体系列职称评审相关工作，协调辖区内行业培训和人才队伍建设工作。

　　7、运输管理处（国防动员办公室）

　　对辖区内民用航空运输（含国际航空运输）市场实施监督管理，参与对民用航空企事业单位收费的监督；审核辖区内航空运输企业的经营许可申请；按规定权限审批航空运输企业航线及加班、包机申请；负责辖区内航空运输地面服务、计算机订座系统的市场准入及其监督管理；管理辖区内民用航空消费者事务，负责消费者对辖区内航空运输企业投诉受理的监督管理；管理辖区内民用航空国防动员工作；组织协调辖区内重大、特殊、紧急运输航空抢险救灾工作；对辖区内民用航空客货运输安全以及危险品航空运输实施监督管理。

　　8、通用航空处

　　对辖区内通用航空市场实施监督管理；负责辖区内通用航空企业的经营许可管理，办理辖区内非经营性通用航空的登记并实施监督；组织协调辖区内重大、特殊、紧急通用航空抢险救灾工作。

　　9、飞行标准处

　　负责实施民用航空器运营人在辖区内的运行合格审定及补充审定并进行持续监督检查；办理对辖区内飞行训练机构的合格审定事宜；负责辖区内民用航空飞行人员、乘务人员的资格管理。

　　10、外国航空公司审定和监管处

　　负责规定范围内外国和我国特别行政区公共航空运输承运人的运行合格审定和持续监督检查，负责协调其他民航地区管理局对本管理局实施运行合格审定的外航的监督检查工作。

　　11、航空卫生处

　　监督管理辖区内的民用航空卫生工作，负责辖区内民用航空人员体检鉴定工作并审核颁发体检合格证；对辖区内民用航空体检单位委任代表及民用航空体检人员委任代表进行资格审查，并监督检查其工作；负责对辖区内民用运输机场的应急救护预案、国内交通卫生检疫条例实施预案的审查，并实施监督检查。

　　12、航务管理处

　　审核报批或批准辖区内民用航空飞行程序、运行最低标准、低能见度运行程序等各类应急程序；承办有关飞行程序的验证试飞、新技术应用推广工作；负责对辖区内航务代理工作实施监管；负责对辖区内民用航空飞行签派委任代表资格进行审查，并监督检查其工作；按授权审查批准辖区内民用航空营运人的运行控制相关文件并监督检查执行情况；办理对辖区内飞行签派员训练机构的合格审定事宜；负责辖区内飞行签派人员的资格管理。

　　13、适航维修处

　　审批民用航空器运营人在辖区内的航空器维修方案、可靠性方案、加改装方案及特殊装机设备运行要求；审核报批或批准民用航空器运营人在辖区内执管航空器的适航证、特许飞行证，并实施监督管理和使用困难报告的调查处理；审核报批或批准辖区内民用航空器维修单位维修许可证并实施监督管理，按授权负责对承修中国注册航空器及其部件的国外维修单位的审查；负责辖区内维修人员培训机构的合格审定；按授权负责民用航空器初始维修大纲审查的有关工作；负责辖区内航空器维修人员的资格管理。

　　14、适航审定处

　　按授权对航空器及其零部件、机载设备、材料等进行型号合格审定和生产许可审定；颁发民用航空产品的适航指令；办理颁发民用航空器初始标准适航证的有关事宜；负责有关民用航空器的加改装方案、特修方案和超手册修理方案的工程审批工作；按授权负责航空油料及民航化学产品的适航审定；对有关委任代表进行资格管理；负责辖区内民航标准计量工作。

　　15、机场管理处

　　审核报批或批准辖区内民用机场（含军民合用机场民用部分，下同）总体规划、许可证和军民合用机场对民用航空器开放使用的申请；对辖区内民用机场的安全运行、净空管理、环境保护、应急救援工作进行监督检查；审核报批辖区内新建民用机场的场址选址报告；负责对辖区内民用机场专业工程建设项目的设计审查、工程质量监督和行业验收，对不停航施工进行监督管理；负责辖区内民航招投标管理（机电产品国际招投标管理除外）；对辖区内航油企业市场准入规则执行情况和安全运行进行监督检查；负责消费者对辖区内机场投诉受理的监督管理。

　　16、空中交通管制处

　　负责组织对辖区内民航空域使用和空中交通管制、航行情报运行和安全实施监督管理；负责辖区内管制人员和航行情报人员资格管理的相关工作；组织协调辖区内航班时刻和空域容量等资源分配工作；组织协调辖区内专机、重要飞行保障和民用航空器搜寻救援工作；对辖区内民航空中交通管制、空域、航行情报发展和建设规划提出建议，并跟踪执行情况。

　　17、通信导航监视处

　　负责组织对辖区内通信导航监视运行和安全实施监督管理；负责辖区内通信导航监视设施设备行政许可管理和人员资格管理的相关工作；承办辖区内民航无线电管理事项；对辖区内通信导航监视发展和建设规划提出建议，并跟踪执行情况。

　　18、航空气象处

　　负责组织对辖区内航空气象运行和安全实施监督管理；负责辖区内航空气象设施设备行政许可管理和人员资格管理的相关工作；对辖区内航空气象发展和建设规划提出建议，并跟踪执行情况。

　　19、公安局

　　指导、监督检查辖区内民用航空空防安全工作和民用机场的安检、消防、治安工作；审查辖区内民用机场、航空运输企业的安全保卫方案和预防、处置劫、炸机或其它突发事件的预案；指导组织协调相关刑事、治安案件的侦查工作，指导相关安全保卫、国家安全和反恐工作；指导、检查辖区内专机警卫工作；对辖区内民用机场安全保卫设施实施监督检查；指导、监督检查民用机场控制区内通行证件的发放管理工作；按授权，对辖区内民用机场进行航空保安审计；负责地区管理局所在省（区、市）空防安全监管及地区管理局机关的内部保卫、防火和治安综合治理工作。

　　20、党委办公室（机关党委、团委办公室）

　　负责地区管理局及直属单位的思想政治工作及精神文明建设，承担地区管理局及直属单位党组织建设和宣传教育工作以及共青团等工作；负责地区管理局统战工作。

　　21、工会办公室

　　负责地区管理局及直属单位的工会工作；指导辖区内民航工会工作，维护职工合法权益。

　　22、纪检监察处

　　按照党章和有关规定实施党内监督和行政监督，受理对检查、监察对象的控告、申诉，调查、处理检查、监察对象违反党纪、政纪的案件。

　　23、离退休干部处

　　组织地区管理局离退休干部政治学习等活动；负责地区管理局离退休干部的医疗保健、生活福利、休养和用车等服务的安排；办理地区管理局离退休干部的丧葬和善后处理事宜；对直属单位的离退休干部工作进行检查指导；负责离退休干部的统计、来信来访等工作。